Требуется сборка. Расшифровываем четыре миллиарда лет истории жизни – от древних окаменелостей до ДНК - Нил Шубин

Поиск давно умерших или “прирученных” вирусов стал самостоятельным направлением исследований, названным палеовирусологией. Для дополнительного ознакомления советую: М. R. Patel et al., “Paleovirology – Ghosts and Gifts of Viruses Past”, Current Opinion in Virology 1 (2011): 304-309; J. A. Frank, C. Feschotte, “Cooption of Endogenous Viral Sequences for Host Cell Function”, Current Opinion in Virology 25 (2017): 81-89.

Работа Джейсона Шеферда о гене Arc: Е. D. Pastuzyn et al., “The Neuronal Gene Arc Encodes a Repurposed Retrotransposon Gag Protein That Mediates Intercellular RNA Transfer”, Cell 172 (2018): 275-288. Эд Йонг изложил суть этой работы для более широкой публики: “Brain Cells Share Information with Virus-Like Capsules”, Atlantic, January 2018.

Глава 7. Кости брошены

Книга, написанная Гулдом на основании лекций: Stephen Jay Gould, Wonderful Life: The Burgess Shale and the Nature of History, New York: Norton, 1989.

Работы Рэя Ланкестера о вырождении и множественности в эволюции: Е. R. Lankester, Degeneration: A Chapter in Darwinism, London: Macmillan, 1880; E. R. Lankester, “On the Use of the Term “Homology” in Modern Zoology, and the Distinction Between Homogenetic and Homoplastic Agreements”, A nnals and Magazine of Natural History 6 (1870): 34-43.

По поводу дискуссии о конвергентной и параллельной эволюции: Simon Conway Morris, Life's Solution: Inevitable Humans in a Lonely Universe, Cambridge, UK: Cambridge University Press, 2003. Конвей Моррис убежден, что все эволюционные превращения неизбежны. Напротив, точка зрения Джонатана Лососа сводится к тонко уравновешенной связи между случаем и неизбежностью: Jonathan Losos, Improbable Destinies: Fate, Chance and the Future of Evolution, New York: Riverhead, 2017.

Хороший видеоматериал о движении языка саламандры: https:/⁄ www.youtube, сот/watch ?v—mRrllTc U eBM.

Об анатомических основах этого удивительного свойства: S. М. Deban et al., “Extremely High-Power Tongue Projection in Pletho-dontid Salamanders”, Journal of Experimental Biology 210 (2007): 655-667.

Статья Уэйка о движениях языка саламандры стала классикой: R. Е. Lombard, D. В. Wake, “Tongue Evolution in the Lungless Salamanders, Family Plethodontidae IV Phylogeny of Plethodontid Salamanders and the Evolution of Feeding Dynamics”, Systematic Zoology 35 (1986): 532-551.

Удивительные примеры множественности эволюции движений языка представлены в работе: D. В. Wake et al., “Transitions to Feeding on Land by Salamanders Feature Repetitive Convergent Evolution”, 395-405, в книге: К. Dial, N. Shubin, E. L. Brainerd, eds., Great Transformations in Vertebrate Evolution, Chicago: University of Chicago Press, 2015.

Об исследовании замерзших саламандр: N. Н. Shubin et al., “Morphological Variation in the Limbs of Taricha Granulosa (Caudata: Salamandridae): Evolutionary and Phylogenetic Implications”, Evolution 49 (1995): 874-884. Эволюционная интерпретация и предсказание структуры конечностей саламандр: N. Shubin, D. В. Wake, “Morphological Variation, Development, and Evolution of the Limb Skeleton of Salamanders”, 1782-808, в: H. Heatwole, ed., Amphibian Biology, Sydney: Surrey Beatty, 2003; N. Shubin, P. Alberch, “A Morphogenetic Approach to the Origin and Basic Organization of the Tetrapod Limb”, Evolutionary Biology 20 (1986): 319-387; N. B. Frobisch, N. Shubin, “Salamander Limb Development: Integrating Genes, Morphology, and Fossils”, Developmental Dynamics 240 (2011): 1087-1099; N. Shubin, D. Wake, “Phylogeny, Variation and Morphological Integration”, American Zoologist 36 (1996): 51-60; N. Shubin, “The Origin of Evolutionary Novelty: Examples from Limbs”, Journal of Morphology 252 (2002): 15-28.

Уэйк написал несколько статей общего плана о том, как примеры множественности в эволюции отражают общие механизмы изменений: D. В. Wake et al., “Homoplasy: From Detecting Pattern to Determining Process and Mechanism of Evolution”, Science 331 (2011): 1032-1035; D. B. Wake, “Homoplasy: The Result of Natural Selection, or Evidence of Design Limitations?”, American Naturalist 138 (1991): 543-561.

Еще один научный обзор множественности в эволюции: В. К. Hall, “Descent with Modification: The Unity Underlying Homology and Homoplasy as Seen Through an Analysis of Development and Evolution”, Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society 78 (2003): 409-433-

Обзор исследования карибских ящериц: Jonathan Los os, Improbable Destinies: Fate, Chance and the Future of Evolution, New York: Riverhead, 2017.

В лаборатории Ричарда Ленски в Университете Мичигана был проведен длительный эксперимент с бактериями, начавшийся в 1998 году. Это смелое на тот момент предприятие позволило напрямую увидеть многие важные эволюционные изменения и обеспечило нас инструментами для наблюдения за этими событиями в действии. Обзор, отражающий сложную связь детерминизма и случайности в эволюции: Z. Blount, R. Lenski, J. Losos, “Contingency and Determinism in Evolution: Replaying Life’s Tape”, Science 362:6415 (2018): doi: io.ii26/scienceaam5979.

Глава 8. Слияния и поглощения

Исходная статья Линн Маргулис: L. [Margulis] Sagan, “On the Origin of Mitosing Cells”, Journal of Theoretical Biology 14 (1967): 225-274. Книга с изложением ее теории: Lynn Margulis, Symbiosis in Cell Evolution: Life and Its Environment on the Early Earth, San Francisco: Freeman, 1981. Цитата из ее высказываний взята из интервью в журнале Discover magazine от 2011 года, которое есть на сайте http:/⁄dis-covermagazine.com/2on/apr/16-interview-lynn-margulis-not-controver-sial-right.

Более новые работы на эту тему: J. Archibald, One Plus One Equals One: Symbiosis and the Evolution of Complex Life, Oxford: Oxford University Press, 2014; L. Eme et al., “Archaea and the Origin of Eukaryotes”, Nature Reviews Microbiology 15 (2017): 711-723; J. M. Archibald, “Endosymbiosis and Eukaryotic Cell Evolution”, Current Biology 25 (2015): 911-921; M. O’Malley, “Endosymbiosis and Its Implications for Evolutionary Theory”, Proceedings of the National Academy of Sciences 112 (2015): 10270-10277.

Очень интересные и полезные источники информации о ранних этапах развития жизни: Andrew Knoll, Life on a Young Planet: The First Three Billion Years of Evolution on Earth, Princeton, NJ: Princeton University Press, 2004; Nick Lane, The Vital Question: Energy, Evolution, and the Origins of Complex Life, New York: Norton, 2015; J. William Sc hopf, Cradle of Life: The Discovery of Earth's Earliest Fossils, Princeton, NJ: Princeton University Press, 1999.

О работе Шопфа по изотопному анализу окаменелостей из Апекс-Черта: J. W. Schopf et al., “SIMS Analyses of the Oldest Known Assemblage of Microfossils Document Their Taxon-Correlated Carbon Isotope Compositions”, Proceedings of the National Academy of Sciences 115 (2018): 53-58.