Вирусы. Скорее друзья, чем враги - Карин Меллинг

Микробиом – описание коллективного генома всех микроорганизмов в образце; у человека бактериальных клеток в 10 раз больше, чем клеток организма, в том числе около 5 млн бактериальных генов в дополнение к 20 000 оригинальных генов человека; это наш второй геном.

Микробиота – сообщество микроорганизмов, ранее называвшееся микрофлорой; микробиота населяет определенные места обитания в организме, в частности, кишечник, влагалище, кожу; чаще всего гомологична микробиому.

Митохондрия, митохондрии – «электростанция» эукариотических клеток; является поставщиком клеточной химической энергии; появилась из бактерии, «захваченной» при симбиозе; при этом потеря генов составляет до 90% и наблюдается высокая степень специализации.

мкРНК (miR). Микро-РНК получается из предшественника двухцепочечной РНК, процессированного белковым комплексом RISC при помощи молекулярных «ножниц» (вышеупомянутый Argonaute содержит домены Paz и PIWI), которые разделяют цепочки; одна цепочка уничтожается, а другая специфически связывает последовательность с целевой (таргетной) РНК, подлежащей уничтожению. RISC – это РНК-индуцированный комплекс сайленсинга.

МНТФ (BDNF) – мозговой нейротрофический фактор, сигнальная молекула, играющая роль в коммуникации между кишечником и клетками головного мозга.

Монофилетическая ветвь (clade) – группы ВИЧ, в которых поверхностные белки обладают определенными характеристиками; M (основная группа) – пандемическая, C – преобладает в Южной Африке.

МРЗС – метициллин резистентный золотистый стафилококк; характеризуется множественной резистентностью и является госпитальным контаминантом, что повышает угрозу для пациентов и показатель смертности.

Мутант – генетически измененный ген; изменения могут быть спонтанными или приобретенными, а также возникшими в результате экспериментов, проводимых в пробирке, что может сформировать резистентность к противовирусной и противораковой терапии.

Мыши агути (трансгенные) – мыши, окрас которых указывает на средовые эффекты, включая канцерогены; шерсть желтого цвета и ожирение свидетельствуют о том, что мыши едят корм, содержащий канцерогены, что вызывает эпигенетические изменения; генетически они идентичны здоровым худым мышам темного окраса.

НАСА – Национальное управление по аэронавтике и исследованию космического пространства.

нАт (bnAB) – нейтрализующие антитела широкого спектра к различным штаммам ВИЧ, которые нейтрализуют вирус, блокируют захват клеткой вируса и инфицирование.

Некодирующие – некодирующие ДНК или РНК, не содержащие триплеты, поэтому в них нет информации для белков; не кодируют аминокислоты; зачастую выполняют регуляторные функции, регулируют структурную информацию и осуществляют взаимодействие последовательностей.

Нуклеиновая кислота – полимер, состоящий из нуклеотидов, деоксирибонуклеотидов или рибонуклеотидов, формирующих ДНК или РНК соответственно, а также, возможно, из химерных ДНК и РНК, одно и двухцепочечных, линейных, кольцевых и сегментированных геномов.

Нуклеотид – строительный блок нуклеиновых кислот, рибонуклеотиды применительно к РНК или дезоксирибонуклеотиды в случае ДНК; состоит из сахарида (рибозы или дезоксирибозы) и одного из четырех оснований – аденина (A), тимина (T), гуанина (G), цитозина (C) для ДНК и A, урацил (U вместо T), G, C для РНК. Также называется основанием или парой оснований (в случае двухцепочечной конструкции).

Обратная транскриптаза или ОТ – РНК-зависимая ДНК-полимераза, открытая как фермент для репликации, но имеющая практически универсальное значение для транскрипции РНК в двухцепочечную ДНК, которая интегрируется в геномы «хозяев»; зачастую объединяется с нуклеазой, рибонуклеазой Н или РНКазой Н, которая по завершении обратной транскрипции удаляет вирусную РНК из гибридов РНК–ДНК, в силу чего образуется сначала одноцепочечная, а потом двухцепочечная ДНК; этот механизм также используется параретровирусами, в частности вирусом гепатита В у человека или вирусами растений, например вирусом мозаики цветной капусты, «пенистыми» вирусами обезьян. Это в высшей степени универсальный фермент, присутствующий в бактериях, планктоне и дрожжах; вполне возможно, что он сыграл очень важную роль в эволюции как генератор или «изобретателя» ДНК. ОТ используется ретротранспозонами, присутствует в бактериях, реплицируясь в тысячах копий для неизвестных функций; кроме того, она отмечается в некоторых фагах; подверженный ошибкам фермент вызывает ярко выраженный эффект мутирования (образование квазивидов), что приводит к инновациям и формирует резистентность к препаратам и вакцинам, делая их неэффективными; является мишенью нескольких противовирусных терапий. Это самый распространенный в биосфере фермент благодаря большому числу транспозируемых элементов, которые кодируют обратную транскриптазу; на долю ОТ приходится 13,5% коллективного генома в образцах, собранных в океане, и 5% генома человека.

Общество научных исследований им. Макса Планка – сеть научно-исследовательских организаций, включает около 100 различных институтов, находящихся главным образом в Германии.

Одиночные LTR – гомологическая рекомбинация приводит к уничтожению участков, находящихся между двумя LTR, и остается один; способны активировать соседние гены. В геноме человека примерно 400 000 таких последовательностей.

Онкоген – раковый или опухолевый ген ретровирусов, в частности src, raf, ras, myc, около 100 известных модифицированных клеточных протоонкогенов, которые часто являются стимулирующими рост генами или регуляторами генов (транскрипционные факторы); РНК-онкогены – микроРНК (miR), а также T-антиген SV40, ДНК-содержащий вирус.

Опухолевый или T-антиген – онкоген в малых ДНК-содержащих вирусах, в частности вирусе обезьян 40 (SV40) или полиомавирусе (Py); обычно не связан с раком у человека, но используется в качестве модели рака в лабораторных условиях, где вызывает рак при интеграции вируса.

Основание или пара оснований (сокращенно bp или по) – термин обозначает двухцепочечные нуклеотидные кислоты или только одно основание, состоящее из собственно основания и сахара, которые являются строительными блоками одноцепочечной ДНК или РНК. Пара оснований наблюдается в двухцепочечных ДНК и РНК, которые обозначаются А–Т и G–C для ДНК или A–U и G–C для РНК.

ОТ – обратная транскриптаза.

Парамутация – наследование генетической информации без мутаций, не подчиняющееся законам Менделя, в силу чего называется «парамутация», впервые описана Ройялом Александром Бринком, является предметом новых исследований. Трансгенерационные или парагенетические эффекты отличаются от эпигенетических в силу того, что эти мутации дольше сохраняются, наследуются и обусловлены изменениями в упаковке хроматина. Сформировавшиеся у C. elegansособенности сохранялись в течение 30 поколений. Парамутации существуют у растений, отмечаются у мышей; не известно, есть ли они у человека; соответствуют теории Ламарка (теории наследования приобретенных признаков).

Параретровирус – ДНК-содержащий вирус, использующий для репликации обратную транскриптазу, например вирус гепатита В (HBV), растительный вирус мозаики цветной капусты или «пенистые» вирусы, образует крупную прегеномную РНК внутри клеток.