Вирусы. Скорее друзья, чем враги - Карин Меллинг

HDV – редкий вирус гепатита дельта, инфицирующий печень человека, рибозим, возможно, растительного происхождения. Вместе с HBV вызывает тяжелое заболевание.

HERV – эндогенные ретровирусы человека. В геноме человека содержится примерно 450 000 копий. Редко формируют инфекционные частицы и напрямую не коррелируются с развитием заболеваний, однако благодаря своим промоторам LTR-последовательностям могут влиять на соседние гены. Известно, что они играют роль в развитии рака и генетических заболеваний с неизвестной частотой. Представляют собой остаток бывших ретровирусных инфекций зародышевых клеток.

INRA – Французский национальный институт сельскохозяйственных исследований, расположенный в окрестностях Парижа, относится к числу передовых институтов в сфере анализа микробиома.

iPS-клетки – индуцированные плюрипотентные стволовые клетки; обновленный фибробласт взрослого человека или другие дифференцированные клетки путем применения набора из четырех транскрипционных факторов (Oct3/4, Sox2, Kif4 и c-Myc), индуцирующих пролиферацию и де-дифференциацию, один из четырех протоонкогенов – вирусный «онкоген» Myc; iPS похожи на эмбриональные стволовые (ЭС) клетки, которые не имеют специализации и сохраняют плюрипотентность; для целей исследования iPS-клетки заменяют ЭС-клетки, получение которых запрещено. iPS-клетки способны развиться в одну из 200 специализированных клеток человека, в частности в клетки головного мозга, нервные клетки, клетки мышечной ткани; есть надежда на то, что можно регенерировать мертвые или больные ткани для их замены.

IRX3 – транскрипционный фактор, который наряду с FTO связан с ожирением.

Kit – рецептор тирозинкиназы в стволовых клетках, а также онкоген в одном из кошачьих вирусов. Kit играет роль в появлении белых хвостов у мышей (это свойство наследуется путем парамутации) и в образовании полосок у рыбок-зебр (данио).

LFI – Институт Леффлера–Фроша, самый крупный институт по изучению ветеринарных вирусных заболеваний, находится к северу от Грайфсвальда в Северной Германии. Институт назван в честь двух немецких вирусологов. Учреждена медаль Леффлера–Фроша.

LINE или LINE/L1 – длинный диспергированный повторяющийся элемент, участок ДНК в геномe, транспозируемый элемент или «прыгающий» ген, кодирующий две «открытые рамки считывания» (ORF1 и ORF2), соответствующий двум белкам – РНК-связывающему белку и обратной транскриптазе/эндонуклеазе (подобной РНКазе Н); ретротранспозон, действующий по принципу «копировать и вставить», включая промежуточную РНК; происходит копирование обратной транскриптазы и нуклеазы и их повторное внедрение в ДНК хозяина, что приводит к дупликации гена, не имеет LTR-последовательностей, представлен 850 000 копий в геноме человека (21%); помогает SINE-элементам в пролиферации. В организме человека всего 100 L1-элементов, которые мобильны и могут обусловить мутагенез и развитие заболеваний (неврологических); малые интерферирующие РНК (siРНК) контролируют и экспрессируют ретротранспозицию. LINE – двигатель эволюции, поддерживает инновации и проявляет активность в зародышевых клетках, где контролируется piРНК. При наличии большого количества ретротранспозонов обратная транскриптаза становится одним из наиболее распространенных белков.

LTR-последовательность – длинный концевой повтор у ретровирусов и некоторых ретроэлементов, один из самых сильных из известных промоторов, который связывает транскрипционные факторы, регулирует клеточные механизмы, приводящие к репликации вируса. В процессе репликации ретровирусной ДНК, при которой происходит дупликация на концах ДНК-провируса, образуются две LTR-последовательности, что важно для репликации. LTR-последовательность может также промотировать соседние гены и вызывать развитие рака (с помощью механизма инсерции, или встраивания промотора), может остаться в качестве «единичных LTR-последовательностей» в геноме как «отпечаток» удаленных ретровирусов.

LUCA – последний универсальный общий предок или предок клеток; первая клетка, возникшая в процессе эволюции.

MetaHit – консорциум по изучению метагеномики пищеварительного тракта человека; в него входило 13 исследовательских центров из восьми стран; работал в период 2008–2012 гг. в рамках Седьмой рамочной программы Европейской комиссии, предусматривающей секвенирование штаммов бактерий пищеварительного тракта человека.

Mu – транспозируемый фаг, модель ДНК-транспозона и механизма ретровирусной интеграции; характеризуется очень выраженной мутагенностью (поэтому называется Mu); относится к ретровирусам; использовался для идентификации ингибитора интегразы ВИЧ, в частности ралтегравира.

Myc – онкоген вируса миелоцитоматоза у кур, протоонкоген, выступающий в качестве транскрипционного фактора в нормальных клетках, который характеризуется избыточной экспрессией в раковых клетках (нейробластома легких), что приводит к ускорению жизненного цикла клеток; является нисходящим эффектором киназного каскада; ДНК-связывающий белок; локализуется в ядре, играет роль в регулировании клеточного цикла, образует гетеродимер с более коротким Myc-родственным белком Max, модулируя его функции.

Mycoplasma genitalium и Mycoplasma mycoides. Бактерия M. genitalium имеет один из самых мелких геномов в природе, состоящий из 580 000 пар оснований и 482 генов, который является первым бактериальным геном, синтезированным in vitro с использованием только химических соединений. Установлено, что синтетический геном не выполняет функций в живой бактерии. Инактивируя гены естественного генома один за другим и проверяя, продолжает ли расти M. genitalium, методом проб и ошибок, так же, как это происходит в природе, было выявлено 382 эссенциальных (незаменимых) гена, а 100 генов оказались несущественными. M. mycoides – вторая бактерия, чей геном был синтезирован. Путем трансплантации ее естественного генома в соответствующую опустошенную бактериальную клетку получили бактерию, которая вела себя как M. mycoides и была способна к размножению. Новостью 2016 г. стало то, что Крейг Вентер получил полностью реплицируемую жизнеспособную синтетическую клетку, которая, правда, медленно растет; она состоит из 473 генов (функции 149 из которых неизвестны) и имеет 531 000 пар оснований.

NIH – Национальный институт здравоохранения США (Бетесда, штат Мэриленд).

PAZ – домен белка (длина примерно 110 аминокислот), имеет родство с обратной транскриптазой ретровирусов, является компонентом РНК-индуцированного комплекса сайленсинга (RISC); аббревиатура основана на названии трех белков, входящих в этот домен (PIWI, Argonaute и Zwille).

Phagoburn – программа ЕС, осуществляемая в соответствии с Седьмой рамочной программой. Основная цель этого исследования – оценить безопасность и эффективность, равно как и фармакодинамику двух «коктейлей» терапевтических фагов для лечения раневых ожоговых инфекций, вызванных Escherichia coli или Pseudomonas aeruginosa. Исследование проводилось с 2013 по 2016 г.

PIWI – «пустой семенник, индуцированный р-элементом», изначально выявленный у дрозофил. Является РНКаза Н-подобным ферментом, связывающим двухцепочечные нуклеиновые кислоты или РНК–ДНК-гибриды, расщепляет РНК-соединения в гибридах, осуществляет сайленсинг одноцепочечной или двухцепочечной РНК; РНК может быть получена из инфекционных агентов (вирусов) или регионов эндогенных некодирующих РНК, таких как регуляторная РНК; РНКаза Н – белок Argonaute в комплексе RISC (РНК-индуцированном комплексе сайленсинга); экспрессируется при сперматогенезе в яичках млекопитающих, а также в клетках яичников, что, возможно, является следствием действия ретротранспозонов, другое название – ассоциированные с повторами малые интерферирующие РНК (rasiРНК); считается, что PIWI-взаимодействующая РНК, или piРНК, осуществляет сайленсинг ретротранспозонов, ингибирует «прыжки», чтобы предотвратить интерференцию ретротранспозонов с образованием зародышевых клеток; является кандидатом на трансгенерационные или парамутационные изменения, обусловленные изменениями хроматина и присутствием в зародышевых клетках и сперме; таким образом, ассоциируется с одной из наследуемых форм РНК, а именно piwiРНК или piРНК, вследствие чего называется «охранник генома».